| Architectures comtoises de la Renaissance : 1525-1636 | Monographie |
| De la République de Constantin Pecqueur, 1801-1887 | Publication collective |
| Des lettres pour gouverner : Antoine Perrenot de Granvelle et l'Italie de Charles Quint dans les manuscrits Trumbull de Besançon | Monographie |
| Dompter Prométhée : technologies et socialismes à l'heure romantique, 1820-1870 | Publication collective |
| "Elle fera ce que l'on voudra" : la noblesse aux états de Bourgogne et la monarchie d'Henri IV à Louis XIV, 1602-1715 | Monographie |
| Hugo politique. Actes du Colloque international de Besançon, 11-13 décembre 2002 | Publication collective |
| La cathédrale d'Évreux et l'architecture et l'architecture rayonnante, XIIIe-XIVe siècles | Monographie |
| La Fonte Ardennaise et ses marchés. Histoire d'une PME familiale dans un secteur en déclin (1926-1999) | Monographie |
| La presse catholique en Franche-Comté, Cité fraternelle, 1944-1967 | Monographie |
| La re-création du passé : enjeux identitaires et mémoriels. Approche socio-anthropologique de l'histoire vivante médiévale | Monographie |
| La transmission des savoirs au Moyen Age et à la Renaissance. T. 1 : du XIIe au XVe siècle, sous la dir. de Pierre Nobel. T. 2 : au XVIe siècle, sous la dir. de Frank La Brasca et Alfredo Perifano. Actes du Colloque international, Besançon et Tours, 24-29 mars 2003 | Publication collective |
| Les décors peints du château d'Ancy-le-Franc (v. 1550-v. 1630) | Monographie |
| Les résistances, miroirs des régimes d'oppression : Allemagne, France, Italie. Actes du Colloque international de Besançon, 24-26 septembre 2003 | Publication collective |
| Les systèmes productifs dans l'Arc jurassien : acteurs, pratiques et territoires. Actes du Colloque de Besançon, 5-6 décembre 2002 | Publication collective |
| L'impasse du sport rural : la Seine-et-Oise de 1880 à 1939 | Monographie |